Holas,
Si desea protegerlo tanto puedes armarte un acceso unico y poner sessiones a todas las paginas que se quiera ver o no, y listo, ahora sobre eso de los reportes en pdf puedes encriptarlo, yo uso PHP con una libreria exelente q me resulta muy optima, es el fpdf (
www.fpdf.org)
A mi cada vez que piden algo con PHP nunca encontre imposibilidades,
;)
Cualquier cosa nos avisas.
Saludos
Gildus