eso es problema de Javascript...
Te diria que postees en el foro correspondiente, o mas facil aun, fijate en el codigo de forosdelweb que el sistema para loguearte funciona como vos decis...
Te diria que hagas que el formulario del popup se postee a un "entercomment.php" en la ventana padre, y que este una vez ejecutado (y insertado el comentario en la BD), haga un header("Location: paginaoriginal.php");
Saludos ;)
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