Hola efrainuzco.
Depende, depende de lo que quieras hacer, si tu DB, básicamente es para hacer consultas, no le veo la necesidas de llamar un archivo .sql desde php para realizar la consulta requerida.
Pero, si por el contrario, pretendes crear DB desde php, puedes hacer un archivo .sql y llamarlo las veces que lo necesites la DB establecida.
En fin, si quieres o necesitas hacer admin de DB por medio de php, te servirán bastante. Pero si la mayoría es insert, update y select, no le veo.
Saludos!