Cierto,
Yo usaría PHP + MySQL para la base de datos.
Por otro lado, se podría hacer un script que de vez en cuando cogiera los datos de MySQL y los replicara en SQL Server, para tener esa información disponible en la red corporativa. De esa forma la seguridad del SQL Server no se vería comprometida, al estar atacando el servidor web únicamente a la base de datos MySQL.
Por otro lado, los análisis estadísticos no son nada sin gráficos...
Ahí juegan un papel importante las librerías GD, que permiten escribir gráficos en tiempo de ejecución.
Otros que están chulos son
http://www.maani.us/charts/index.php que usan PHP para generar flash con los gráficos.
http://toothchart.sourceforge.net/ http://ykcee.sourceforge.net/ http://phplanning.sourceforge.net/
y muchos más...
Pero para no marear más la perdiz, puedes empezar por
http://www.phplot.com/ y mirar este breve manual
http://www.programacion.net/php/tutorial/phpsol_phplot/
Espero haberte ayudado.
Un saludo de,
eContento