Pensando a las 1:36 de la madrugada :P
Creo que lo mejor seria guardar en una tabla los registro de los archivos, entonces.
Luego comenzemos a recorrer los archivos del directorio, obtenemo su nombre y fecha de creacion, mientras recorremos vamos preguntando a la BD si el fichero tiene registro, si resulta que no tiene registro, quiere decir que el archivo es nuevo.
Entonces aplicas lo que tu quieres hacer con ese archivo, y ademas agregarlo al registro despues saludos.
Un mini tips que te puede ayudar sobre recorrer archivos y fechas de modificacion aqui
Ordenar Archivos en Matriz
Saludos