Estas intentando condicionar PHP con JavaScript, así no funcionan las cosas. PHP es un lenguaje del lado del servidor y se ejecuta antes, debes entender eso.
Lo que tienes que hacer es crear un fichero independiente que descargue el archivo recibiendo un parámetro y en tu botón o enlace llamar a ese fichero y pasárle el parámetro vía URL.
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