Carxl mas o menos te entendi pero aqui te dejo la estructura para que veas como es la movida...
 
tabla clientes_op: contiene cada uno de los usuarios 
 Código PHP:
    CREATE TABLE `clientes_op` (
  `id` int(11) NOT NULL auto_increment,
  `Username` varchar(50) NOT NULL default '',
  `password` varchar(32) NOT NULL default '',
  `nombre` varchar(60) default NULL,
  `email` varchar(60) default NULL,
  `co_cli` varchar(10) NOT NULL default '',
  `rol` int(11) default NULL,
  `cargo` varchar(60) default NULL,
  `activo` char(1) default NULL,
  `acceso` varchar(255) default NULL,
  PRIMARY KEY  (`id`),
  UNIQUE KEY `Username` (`Username`)
) TYPE=MyISAM AUTO_INCREMENT=2 ; 
    
  tabla opciones: te dice los lugares a donde puede ir el usuario dependiendo de lo que diga la tabla seguridad  
 Código PHP:
    CREATE TABLE `opciones` (
  `cod_opcion` int(11) NOT NULL auto_increment,
  `des_opcion` varchar(50) NOT NULL default '',
  `pg_opcion` varchar(100) NOT NULL default '',
  `target` varchar(20) default NULL,
  `orden` int(11) NOT NULL default '0',
  PRIMARY KEY  (`cod_opcion`)
) TYPE=MyISAM AUTO_INCREMENT=5 ; 
    
  tabla seguridad: aqui es donde dice a que lugares de la web el usuario puede entrar... 
 Código PHP:
    CREATE TABLE `seguridad` (
  `co_opcion` varchar(11) NOT NULL default '0',
  `co_usuario` varchar(11) NOT NULL default '0',
  KEY `co_usuario` (`co_usuario`)
) TYPE=MyISAM; 
    
  ahora aplicando lo que me dijistes me sigue lanzando los checkbox vacios 
