utopiko prueba de esta manera a ver si te funciona:
Código PHP:
<?
include("../Php/funciones.php");
$id=Conectar("??????");
$sql="Select * from averias where NUEVO = 1";
mysql_select_db("??????",$id);
$res=mysql_query($sql,$id);
if(mysql_num_rows($res)==0){
echo "<body onload=\"alert('Tiene_Incidencias_Nuevas');\">";
}else{
echo "<body onload=\"alert('Tiene%20Incidencas%20nuevas');\">";
}
?>