librería GD

[caricatos]

Hola:

Teóricamente se pondría transparente el negro con:

$imagen2 = imagecreatefromjpeg('imagen2.jpg');
$transpa = imagecolorallocate($imagen2, 0, 0, 0); // negro es 3 componentes a cero
imagecolortransparent($imagen2, $transpa);

Saludos