la respuesta a la pregunta es SI.
Pero en la práctica te diría que no.
Las sesiones se guardan en archivos en un directorio temporal, por lo que si un virus (o cualquier programa) elimina el archivo que contiene los datos de la sesión, la sesión se pierde.
Sin embargo, no conozco ningún malware que se dedique a eliminar sesiones... y menos para unix, y la gran mayoría de los servidores en internet funciona con alguna variante de unix.
Si estás teniendo algún problema, sería bueno que lo describieras para que te podamos ayudar a solucionarlo
Saludos.