hola cmarti.
Respecto a tus dos preguntas:
2. Claro lo puedes hacer, puedes hacer con mysql teóricamente lo q' quieras, si como me dices, sólo si como me dices, utilizarías myisam como consulta sería aceptable, y dejando las de actualización como Innodb, sería aceptable. Por rapidez en consulta, Myisam es buena opción, y por actulizaciones, respestando las transacciones e integridad Innodb, no hay duda.
3. Las dos las puedes vincular claramente, no sé a que te refieres con lo de la "manera normal", haciendo indexación, fk??. Por que sea como sea, las puedes vincular, también como dices con una sentencia "rebuscada". Cómo te digo, con mysql teóricamente puedes hacer lo que necesitas.
Todo lo que necesitas, lo puedes hacer, ya según tu proyecto, mirarás la manera mas óptima.
Saludos, espero t sirva.
