Correcto, desde la versiòn 5 simplemente lo que tienes que hacer es activarla, por que por default viene desactivada, desde ahí, ya puedes trabajar sin problemas.
Yo hace mucho que no creo DB digitando script, lo hago por medio de DBdesigner y en una de sus opciones coloco por dafault tipo de tabla Innodb.
En las versiones 3 de mysql, creo que tienen que hacer mas vueltas para utilizar Innodb, no sè cuales.
Saludos!
