Hola de nuevo!
Con lo q' me dices, tuviste que crear un superusuario y un usuario normal para conectarte a Mysql, siendo estos usuarios, los que t permitirìan manejar tu Db, por lo que te tocarìa crear "x" cantidad de usuarios con sus respectivos permisos, por lo que debes en cada conexiòn con la db, perguntar que tipo de usuario se està conectando de los que creaste anteriormente con phpmyadmin por ejemplo.
Respecto al mòdulo de seguridad del que yo te hablo, sòlo creas un superusuario y tù debes crear, tablas de permisos, de perfiles, de usuarios, constrolando todo lo que los demàs usuarios quieran hacer, es algo parecido con lo que haces en phpmyadmin, pero personalizado, y hecho según tus criterios. La desventaja de este mètodo, es que siempre te conectaràs como super usuario, en el mysql_connect, no sè hasta que punto sea seguro por "sql inyection", un mètodo para atacar tu db desde tus input.
En ti està escoger la manera mas propicia de hacerlo.
Saludos