La idea es que cada maquina tenga instalado el framework, pero existen diferentes formas de publicar ClickOnce o Windows installer, primero debes elegir que estrategia seria mas conveniente para la publicacion de la aplicacion en esta pagina te explican lo bueno y lo malo de cada una de las formas de distribucion:
http://msdn2.microsoft.com/es-es/lib...z4(VS.80).aspx
Pero el framework es requisito para la ejecucion de la aplicacion en la maquina cliente.
¿Que framework estas usando?
Saludos