En las aplicaciones de framework 2.0 (no se si aplique para la version 2003) en la propiedades del proyecto en la pestaña de publicar, hay un boton de requisitos previos, marcas el .NET Framework 2 y en los option buton seleccionas el que dice: "Descargar los requisitos previos desde la misma ubicacion que mi aplicacion".
¿Esto para que sirve?, para incluir el framework 2.0 dentro de los instaladores de la aplicacion, esto hace que el instalador pese un poco mas en tamaño. pero si al momento de instalar la aplicacion este no esta, la aplicacion lo instala, asi no tienes que ir de maquina en maquina instalando el framework y luego volver para instalar la aplicacion, todo en un solo paso.
Saludos