Arreglos !!!
nunca he hecho lo que tu dices, pero he trabajado con checkbox
Código:
<input name="borrar[{$fila.run}][{$fila.id_asignatura_cso}]" type="checkbox">
si te fijas esos valores son asignados al nombre de control borrar, que al momento de procesarlo con Php lo trato como cualquier arreglo de Php, en tu caso debes hacer algo similar, asignar esos valores al arreglo que tengas creado.
Es solo una idea...
PD: Ahora no ando de timepo como para armarte un ejemplo sencillo...
