Bueno, para todo hay trucos, es verdad, una variable capturada en JavaScript no se puede pasar a PHP, pero si con un truco, pues bien, cuando seleccionas un elemento del select pues capturas el valor como lo haces tú, con JavaScript, bien ese valor se lo mandas al PHP por el url, te imaginas como? Facil, así
url = "pagina.php?var="+val;
location.replace(url);
Ese código supone que es JavaScript, el único problema con este truco es que se recargará la página.
Bueno, ya recargada la pagina coges el dato con PHP, así
if (isset($_GET["var"])) {
$var = $_GET["var"];
}
Ya obtuviste el valor. Espero que te funcione.