Muchas gracias, asi lo hice y me ha tirado, la verdad q era mucho mas facil q todo lo q habia intentado hasta ahora.
 
Una preguntilla mas. Estoy intentando  meter la ruta del archivo a subir  en el campo correspondiente(el de examinar) y hacer el submit posteriormente desde javascript(xa poder realizar la subida automaticamente desde js).  
Me da un error: el formulario no tiene propiedades; he intentado acceder mediante getElementById y names xo no hay manera: 
(Siento daros la chapa, prometo q es lo ultimo q pregunto 

 ) 
tengo este codigo: 
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
<title>Insert title here</title>
<script type="text/javascript" src="js/archivoSubido.js"></script>
<script>
        document.getElementById('nombre_fichero').value="D  :\prueba.zip";
	document.formulario.submit();
</script>
</head>
<body>
<form name="formulario" id="formulario" action=upload.jsp method=post enctype=multipart/form-data>
<table>
<tr>
<td>Fichero</td>
<td>
<input type="Hidden"  id="vaya" name="id" value=nombreArchivo()>
<input size="50%"  id="nombre_fichero" type=file name=fichero value="">
</td>
</tr>
<tr><td colspan=2>  
</td>
</tr>
</table>
</form>