Grothias, pues creo q esto si te funcionara, cambia $registro[0] por $registro['username']
Código PHP:
$consulta = mysql_query("SELECT username FROM usuarios WHERE username='$_GET[username]'");
$registro = mysql_fetch_array($consulta);
$registro = $registro['username'];
echo "$registro / $_GET[username]<br><br>";
if ($_GET['username']==$registro)
{
echo "BIEEEEN";
} else {
echo "MAAAAL";
}
Salud2