Si conoces PHPBB, revisa el archivo config.php y como pista te puedo decir que PHPBB crea el archivo config.php "al vuelo"...
Pero para simplificarte la vida, te voy a dejar un Script que puedes utilizar...
Código PHP:
<?php
$prefijo = $_POST['prefijo']; // No se como obtendras el prefijo...
$fp = fopen("config.php", "wb"); // w = para escribir... b = precaución para windows =P.
$contenido = "<?php \r\n\$table_prefix = \"$prefijo\";\r\n?>"; dobles!!
fputs($fp, $contenido);
fclose($fp);
?>
Ahora, dirigete al archivo config.php recien creado...
Código PHP:
<?php
$table_prefix = "prefijo_solicitado";
?>
MIRA QUE SENCILLO...
Lo mismo puedes hacer si usarás variables con la configuración de la DB.
Espero te sirva y cualquier duda, consultala con confianza.
Saludos.