Yo te sugiero cambiar de amistades.
Te sigo sin entender mucho, pero tal vez, sea por que tu confusión es clarísima
El gran problema del mundo PHP es que no está tan "normalizado" ni "estandarizado" como el mundo Java (¿será porque PHP aún es un lenguaje y Java una arquitectura?), por consiguiente, cada desarrollador tiene su propia idea de como hacer las cosas, y muy probablemente, te vendan su verdad como la única verdad.
Como decía GatorV, algo avanzado es enterarte que existe MVC y estudiarlo. Otra forma intermedia es ver artículos famosos escritos por famosos como Pablo Rigazzi (lo conocerás por películas como "webstudio" y
"ZonaPhp.com") con el sugerente título de
"web modulares".