Buenas!
Los grupos de checkboxes han de tener el mismo nombre, y ademas has de especificar que se trata de una cadena para que mande todos los valores.
Código HTML:
<input type="checkbox" name="nombre[]" value="valor1">Valor 1
<input type="checkbox" name="nombre[]" value="valor2">Valor 2
<input type="checkbox" name="nombre[]" value="valor3">Valor 3
...
así, si seleccionas los tres, $nombre será: nombre[1]="valor1", nombre[2]="valor2" y nombre[3]="valor3"
No sé si será eso lo que buscabas...
Saludos!