Hola cmarti.
Pues........, mira, desde que utilizo mysql nunca he utilizado myisam para mis proyectos, siempre innodb.
Sè que la tablas myisam son mas ràpidas para las consultas que las innodb, esa es su ventaja, las consultas. Por eso te decìa sino tenìa pk que la utilizaras por que te va a ser mas ràpido.
Innodb sacrifica velocidad para darte normalizaciòn, para darte transaccionalidad, y al poner esto en una balanza, para mì, siempre "pesarà" mas Innodb.
Entonces, resumièndote, myisam para mi, desde que utilice fk, nunca las utilizarè
Saludos de nuevo.