Bueno, cuando yo hago eso primero instalo el Güindos 9x o Me en una partición y después de configurar TODO, instalo el Güindos 2000 en otra partición creandome el multibooteo (Esto lo hago iniciando con el CD del 2000).
Instalando primero el 2000 y luego el 98 NO lo he intentado pero creo que no debería darte problemas... si lo hace, puede ser porque creaste la partición del 2000 con NTFS y los 9x o Me NO la reconocen. Si ese no es tu caso y queres tener los 2, te aconcejo que volvas a formatear e inicies instalando el 98 y luego el 2000.
Saludos.
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