No lo consideraría tan "extraño", menos para preocuparse, el cambio de un CRT a un TFT se nota, pero date cuenta que el TFT es algo mas "complicado" de ajustarlo a tus necesidades, por lo que tendrías que "jugar" con las opciones que tiene la gpu, brillo, contraste y distintas tonalidades para que la vista "sufra" lo menos posible, también buscar la distancia y ambiente para ello, no sabría decirte, pero seguro que en la red encuentras guias de accesibilidad donde suelen recomendar a cerca de todo esto.
Lo que comentas del tiempo de respuesta y todo eso, es para evitar la imagen "fantasma" que se ve en juegos rápidos y vídeo, sobre todo de mucha acción, también algunos tienen otro tipo de tecnologías que corrigen otras "imperfecciones".
Otra cosa que tienes que asegurar, es que trabajas con la resolución nativa, si esta es por debajo la vista se fatiga mucho antes, por encima no debes hacerlo, puedes dañarlo. El refresco, se maneja distinto a un CRT y este valor no tiene tanta importancia, pero a medida de adaptarlo a tu visión, sueles tener varias opciones. Sobre todo, configura eso del color del mismo, en mi caso por defecto venia con unos colores super apagados que hacia que leer en el fuese terrible, con unos retoques consigues una lectura mas nítida. también, usa
ClearType para las fuentes, esto cansa menos la vista en norma general.
Por cierto, ¿Que monitor tienes ahora?.
Un saludo.