Hay cosas que no funcionan en Windows que sí funcionan en Linux, no tengo conocimiento de cosas que cumplan lo inverso (no funcionar en Linux pero sí en Windows)
Creo que lo fundamental que deberías revisar son las rutas, asegurándote que cuando hacés referencia a una carpeta no pongas por ejemplo "C:\web...", sino que uses la variable $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] para apuntar a la raíz del sitio.
Si tenés alguna duda puntual en alguna parte del sitio, bastaría echarle una mirada al manual (
www.php.net/manual/es) o preguntar de nuevo por acá
Saludos.