No he podido reproducir tu problema por lo que imagino que debe haber "algo más" que lo que has descripto...
Por otro lado no has comentado cual de los dos filtros estás utilizando (filtro avanzado ó autofiltro).
En cualquier caso, te sugiero que intentes el método:
Como este método muestra u oculta (alternativamente) las flechas desplegables de Autofiltro (ubicándolas en el rango: [A12:E12]), verás que -al mismo tiempo- muestra TODAS las filas de un rango previamente filtrado.
Realmente, deberías utilizar el método: ActiveSheet.ShowAllData que hace visibles todas las filas de la lista filtrada actual. Pero como no te funciona, intenta lo antes acotado.
Saludos.