Bueno, siempre puedes hacer una condición:
Código:
if condicion then
<div id="cabeza"><!--#include virtual="cabeza.htm"--></div>
end if
Podrías quizás solo ocultar tus divs ya que estás usando css (un poco sucio):
Código:
if condicion then
cssStyle = " style=display:none;"
else
cssStyle = ""
end if
<div id="cabeza"<%=cssStyle%>><!--#include virtual="cabeza.htm"--></div>