es partir la web en 3 trozos por ejemplo:
cabecera.php
menu.php
cuerpo.php
en cabecera.php tendremos la parte de arriba
en menu.php tendremos el menu
y en cuerpo el contenido, que es donde los insertaremos las demas.
cuerpo.php
Código PHP:
<?php
include("cabecera.php");
include("menu.php");
// contenido del cuerpo.php
?>
y asi todas las paginas que tengas.
Se podria añadir una mas, por ejemplo sesion.php al principio, donde tengas tus scripts para autentificar tus usuarios para asi saber que menu cargar.
No se si se entiende el concepto.