Normalmente estos son problemas de calibración.
Aqui el asunto es que no se puede dar una respuesta sin ver el documento original y el final, al ver el documento original y ver los porcentajes es muy probable determinar que paso por ejemplo
Cita: pasan a ser un marron-morado en la revista
Este color que mencionas que color en % de CMYK presenta en tu equipo?
El papel es un blanco recubierto o mate?
Ahora cuando dices que no usas Pantone, Pantone es una marca y los programas usan Pantone Solid y Process, si usaste la paleta de porcentajes en CMYK es lo mismo que el Process.
Ahora si cargaste un perfil y dejaron ese perfil o descartaron el tuyo tendrias que verificarlo directamente en la imprenta y ver que colores espliega en sus monitores.