Yo creo que habria que ver el formato del archivo. No se podra tocar solo una linea y ya, pero si se puede leer todo el contenido y al mismo aplicarle
explode("\n", $contenido); obtendriamos un Array con tantas posiciones como "lineas".
Buscas la "linea" que deseas, la cambias, utilizas
implode para unir todo en un solo string y guardas el fichero.
Es un poco engorroso, pero si no queda otra... es una alternativa para lograrlo.
Saludos.