Esta "directiva" la encuentras en el php.ini
Cita: safe_mode_exec_dir string
Si el PHP se utiliza en modo seguro, la función system() y el resto de funciones que ejecutan programas del sistema se niegan a ejecutar programas que no estén en este directorio.
Saludillos.
PD. Echale un ojo a este link
http://www.maestrosdelweb.com/editorial/php6/, el modo seguro va desaparecer para php6.