como pista te pongo un comandito para saber el PID del proceso:
Código PHP:
$ejecutar = shell_exec("seer");
$output = shell_exec("pgrep -u root seer");
// el nº de pid lo tendras dentro de output
si es que lo ejecutas como root, si lo ejecutas como otro usuario deberas de cambiarlo.
Haz un echo output para ver si funciona.
suerte