Por que tienes que hacer que recorra toda la consulta por que como lo tienes solo va hacer una sola accion podrias hacerlo de la siguiente forma:
Cita: $consulta = mysql_query("SELECT cod_usuario, total_a_pagar FROM $sql_tabla WHERE cod_usuario ='$cod_usuario'");
while($arreglo_consulta=mysql_fetch_array($consult a){
if ($consulta != null)
{
//Update
}
else
{
//Insert
}
}
Bueno no estoy seguro que asi funcione pero esa es la idea
Hasta Pronto!