Hola!
El tema se soluciono cambiando el HAVING por un WHERE y poniendolo antes del GROUP BY.
Código:
select r.nombre region, s.storename, s.storetype, count(e.storecode) as empleados, s.customerid, s.estado
from region r join store s on r.idregion=s.regionid
left outer join empleados e on s.storecode=e.storecode
where s.customerid=6
group by s.storename
order by r.idregion
pero aún me queda la duda anterior, de todas formas seguire investigando.
Si alguien sabe el motivo, agradeceré me ayude a reducir mi ignorancia.