Hola
Bueno, pues lo correcto es hacerlo como dice Kaninox
Ahora, para que el pop up te tome la variable ponle en el window.open el parametro, es decir
Código HTML:
<body onload="window.open('imprimirCS.php?ncs=<?php echo $_POST["numerocs"];?>','','width=400,height=550 0')"> Espero te sirva.