Hola,
Para contar usa count. En esa consulta que has puesto sería así:
Código:
SELECT count(*) FROM `tabla` GROUP BY col HAVING CHAR_LENGTH( col ) = 5
Eso te retornará un solo dato que será el número de registros que cumplen con las condiciones expuestas, es decir, el número de registros cuyo valor para el campo col tiene una longitud de 5 caracteres.
Un saludo