Solo imprimes tu variable directamente:
Código PHP:
<?php
// Haces tu consulta y obtienes tu variable:
$var1 = $row['nombre'];
$var2 = $row['edad'];
?>
<html>
<head>
<title>ejemplo</title>
<script type="text/javascript">
var var1 = '<?php echo $var1; ?>';
var var2 = '<?php echo $var2; ?>';
</script>
</head>
Recuerda que los procesos de PHP y Javascript se ejecutan en dos modos diferentes, priemero el script se ejecuta via PHP, y luego el html resultante que se envia al browser se ejecuta (invocando cualquier codigo javascript que tenga).
Salu2.