Hola,
sino puedes con el Adobe, prueba con otro programa. Hay uno para insertar firmas digitales en varios tipos de archivos, se llama
Profirma:
http://www.efactura.org.es/profirma_setup.zip
Además he encontrado un buen manual sobre la facturación electrónica. En éste también puedes encontrar como insertar la firma con ese programa.
El libro en PDF lo puedes descaragr en Red.es:
http://www.red.es/prensa/pdf/factura_electronica.pdf
Espero que con esto puedas insertar la firma. Ya nos contarás.
saludos