Ese problema se debe a como estas generando tu script, el explorador toma el nombre de la imagen desde el img tag es decir si tu pones aqui:
Código:
<img src="elNombreQueQuieroQueSalga.jpg">
Asi es como se va a guardar, como tu lo estas generando dinamicamente te sale el .php al final, para evitar esto, debes de usar alguna tecnica como mod_rewrite para que puedas llamar a tu script php de alguna otra forma (como lo hacen los Smart Urls), asi puedes llamar a tu imagen de alguna otra forma, hacer que el servidor detecte que no es una imagen de verdad y llame a tu script PHP.
Salu2.