Hola: es más o menos lo mismo que has estado haciendo hasta el momento...
Código PHP:
$nombre = 'A01.01.jpg';
//recuerda que la función substr se puede utilizar de la siguiente manera:
//substr($cadena, $comienzo, $longitud);
$nombre = substr($nombre, 1, strlen($nombre) - 4);
Espero te sirva.
Saludos...