Si en la misma pagina donde estas usando el Reponse.Redirect estas usando el script para mandar el alert o msgbox y para colmo ambos estan en la misma condición lamento decirte que el alert o msgbox nunca se va a mostrar ya que al hacer response.redirect usar response.buffer=true la información o sea el codigo nunca llega al browser del cliente.
Mejor cambia el response
Por esto:
<meta http-equiv="refresh" content="3;url=index.php">
Donde 3 es el número de segundos que se tardara en redirecciona la pagina que se indica en url.
Cbe destacar que esto no debe ir entre <%%> esto es parte del html
Saludos
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