si se puede
en tu iframe pones por ej
<iframe name="web.php" scrolling="no" width="792" height="215" src="tu_archivo.php" frameborder="0" AllowTransparency></iframe>
y en la pagina
tu_archivo.php en el body pones
style="background-color: transparent;"
ej
<body style="background-color: transparent;">
tu propiedad AllowTransparency hace la transparenia
saludos
