Intenta lo siguiente:
Código PHP:
File file = new File("nombreArchivo.in");
BufferedReader buffer = new BufferedReader(new FileReader(file));
String lineaArchivo = buffer.readLine();
//este "fwhile" leera hasta que llegue al final del archivo
while (lineaArchivo != null)
lineaArchivo = buffer.readLine();
Me haces saber si te fue util.