No estoy seguro,pero creo que al terminar de descargar el archivo se puede hacer:
Código PHP:
echo $elArchivo;
// Mete tu comprobación, ejemplo:
$_SESSION['meLoHeDescargado'] = true;
die();
El die lo pongo porque generalmente los PHP pueden tener ciertos errores que, al guardar un archivo no quieres que aparezcan para que dichos archivos sean interpretados correctamente y los scripts PHP suelen contener más código que un echo ^^
Si así no funciona, ponedlo, porque juraría que con esto funciona, pero no estoy seguro :S