Hola carolina, pues para empezar ten encuenta que PHP se ejecuta en el Servidor y Javascript en el Cliente. Por lo tanto tus funciones de javascript no se enlazan con php mas por el contrario php puede armar las funciones javascript.aqui un ejemplo:
Código PHP:
<?php
$varphp = 'Mensaje: Hola a todos';//variable php
echo '<script>';
echo 'function ver(){';
echo 'alert("'.$varphp.'");';
echo '}';
echo '</script>';
echo '<a href="javascript:ver()">hacer clic</a>';
?>
Espero haberme dejado entender
Saludos