Realmente no sé si PHP te va a dejar tener abiertos a la vez dos objetos conexión. Prueba a sacar los datos de una conexión, y luego de la siguiente:
Código PHP:
$conexion = db_connect_mysql($server, $bd, $usr, $pwd) ;
$resultado_consulta = mysql_query("SELECT nombre FROM usuarios", $conexion);
# Funciones con $resultado_consulta aquí...
$bd = "pruebas2";
$conexion = db_connect_mysql($server, $bd, $usr, $pwd) ;
$resultado_consulta = mysql_query("SELECT nombre FROM usuarios", $conexion);
# Funciones con $resultado_consulta aquí...