Hola,
Si ver el codigo con el que generas el XML es dificil decir, pero es bastante raro que el JDOM te lo genere asi, ya que definitivamente es incorrecto.
Al vuelo del tema, ¿como haces para generar el XML? ¿Usas algun "framework" o lo haces directamente desde Servlets? Mas que nada lo digo por que nosotros vasamos todas nuestras aplicaciones en XML y el "framework" que tenemos hecho, tiene 8 años asi que no es de ayer
, quizá te sirviera, aunque fuera para coger ideas.
Un saludo