Hola,
 
PHP define dentro de php.ini una zona horaria independiente a la del sistema, pero no recuerdo el nombre del parámetro. También puedes usar 
date_default_timezone_set. 
Nota: generalmente no administro sistemas Windows, por lo que no te puedo decir de memoria si existe alguna otra particularidad que debas tomar en cuenta. 
saludos 
