Hola Vane_ haber si esto funciona, simplifique tu codigo:
Código PHP:
<?php
....
$result = mysql_query ("SELECT * FROM ......") or die (mysql_error());
while ($rows0 = mysql_fetch_array($result)){
extract ($rows0);
?>
<option value="<?php echo $nombre; ?>"
<?php
$asig_array = explode(",",$asig);
for($i=0;$i<sizeof($asig_array);$i++){
if($asig_array[$i] == $nombre){
echo " selected";
}
}
?>
>
<?php echo $nombre; ?></option>
<?php
}
?>
</select>
Saludos